Obnova řeholního ducha na konci 19. století
Pozvolná obnova Církve a Cisterciáckého řádu v průběhu 19. století
Polovina 19. století znamenala celkovou obnovu Církve. Církev se všude po Evropě pomalu odlučovala od propojení s feudalismem a panovníky a začleňovala se do moderních nekonfesních států: tak např. v Anglii bylo povoleno katolictví a v jižní Evropě zase protestantismus. Tehdy také zanikl papežský stát. Církev se musela naučit žít v tomto novém prostředí a zápasit především s liberalismem nepřátelským k Bohu, s organizovaným ateismem a dělnickým hnutím a novými sociálními problémy. Církev se v tomto hledání nového místa ve společnosti semkla kolem velkých osobností tehdejších papežů: Pia IX., Lva XIII. a Pia X. Díky jejich vedení se jí dařilo provést vnitřní obnovu nejprve liturgickým a pak biblickým hnutím a také rozvninutím nové sociální nauky a vytvoření katolického spolkového života a školství. Ve vlasních řadách se musela potýkat na jedné straně s myšlenkovým proudem zvaným modernismus a na druhé straně s tzv. starokatolictvím, které odmítalo řízení Církve papežem. Všechny tyto vlivy se projevovaly i v habsburské monarchii, která se tehdy vnitřně bouřlivě přetvářela. Revoluce r. 1848 otřásla základy monarchie a měla za následek zásadní změnu ve vztahu státu a Církve. Už r. 1849 byla novou ústavou uznána autonomie Církve, konkordát z r. 1855 znamenal definitivní konec josefinismu a tak se rakouští katolíci opět stali součástí obecné Církve. Monarchie uzavřela nejprve tehdy neobvykle těsné a vstřícné spojenectví s Církví konkordátem, který ale už po 13 letech jednostraně zrušila a nahradila vládou zcela v duchu liberalismu a laicicismu. Dále monarchie uvnitř zápasila s rostoucím nacionalismem a stala se v této době konstituční dualistickou Rakousko-uherskou monarchií, která současně ztratila svou pozici v Evropě ve prospěch nově sjednoceného Německa.
"Zlatý věk"
Toto údobí v dějinách kláštera lze bezesporu označit za jeho "zlatý věk". Život vyšebrodských mnichů v této době nesl nejviditelnější plody a sjednával klášteru pravdivou proslulost a ze strany veřejnosti převládalo uznání a podpora. Pochopitelně to nebylo výlučnou zásluhou těchto dvou nebo tří generací řeholníků, ale Boží prozřetelnost to připravovala prostřednictvím mnoha předchůdců i lidí mimo vlastní klášter. Tuto tehdejší velikost tedy není pro nás na místě kopírovat ani posuzovat, protože žijeme v jiné době a za jiných okolností, ale můžeme si z ní vybrat mnohé dobré prvky k následování, aniž bychom očekávali stejně slavné ocenění na tomto světě. Toto období je charakterizováno především dlouholetým působením dvou opatů: Leopolda Wackárze (čti: vačkáře) a Bruna Pammera. A protože právě v tomto období byly dějiny vyšebrodského kláštera velmi úzce spojeny s dějinami Cisterciáckého řádu, je vhodné popsat nejprve proces nového zformování Řádu ze zbytků, které zůstaly po sekularizaci.
Obnovení vazeb mezi kláštery a ustavení "Rakouské cisterciácké kongregace" v rámci habsburgské monarchie
Na území rakouské monarchie se po Francouzské revoluci a sekularizaci zachovalo nejvíce cisterciáckých klášterů. Avšak bez kontaktu s církevními představenými a pod státním vedením se v nich život vyvinul tak, že okolo r. 1850 se každodenní život mnichů zakládal jen na místních zvycích a spokojoval se s elementárními požadavky na kněžství při naprostém opomíjení mnišské tradice. Společné kroky ke změně situace nebylo možné podnikat, protože jakékoli kontakty s Římem i mezi kláštera navzájem by byly posuzovány jako jsoucí v rozporu se státními zájmy, tudíž jako protistátní. Mimoto opatský úřad byl vnímán jako čistě osobní funkce tvořící závazky ve státním organismu. Ve změněných politických poměrech po r. 1848 se vynořila možnost shromáždit opaty a pokusit se reformovat klášterní život. Iniciativa k tomuto shromáždění vyšla od několika opatů r. 1851 a měla se na něm řešit v rakouské cisterciácké provincii formace, obnovení mnišské exempce, ustavení vztahů s římským generálním předsedou Řádu, pravidla pro provozování škol a farností a nakonec reforma mnišského způsobu života. Ostatní opati si však žárlivě střežili svou autonomii a obávali se nevole biskupů a tak reagovali teprve na výzvu z Říma. Od apoštolského nuncia ve Vídni byli opati zpraveni, že všechny otázky kolem řeholního života v Rakouské monarchii vyřeší chystaná apoštolská vizitace. Nato se opati r. 1852 sešli ve Vídni a sestavili pro Svatý stolec situační zprávu, v níž si byli vědomi špatného stavu řeholního života ve svých klášteřích a navrhovali opatření, jež se týkala pouze obnovení vztahů k nadřízeným autoritám v Římě. Svatý stolec však jejich návrh odložil s tím, že konkrétní rozhodnutí vzejdou až z výsledku vizitace a jako vizitátora jmenoval pražského arcibiskupa, kardinála Bedřicha Schwarzenberga. Ten praktickým provedením vizitace všech cisterciáckých klášterů pověřil biskupa Augustina Hilleho, jemuž byl určen na pomoc horlivý a vzdělaný mnich z Oseka Salesius Mayer. Vizitace se uskutečnila v letech 1854-55 a dala vzniknout stanovám vypracovaným individuálně pro každý klášter s přihlédnutím k místním podmínkám. Kardinál v souhrnné zprávě pro Svatý stolec uvedl, že "byl všude přijat s láskou k Řádu a s touhou po zlepšení", ale "že způsob života, který kdysi odlišoval Řád sv. Bernarda a který se stále žije v přísných observancích trapistů, v rakouských komunitách chybí, a když zvážíme dané mnichy a dané podmínky, nelze jej znovu zavést." Zpráva dále konstatovala, že je třeba zdůrazňovat základní prvky mnišského života, ale že zásadní změny lze provést až po značném vzrůstu počtu mnichů a postupném omezení externích povinností. Kardinál navrhl vytvoření autonomní kongregace klášterů, která by tento plán rozvedla a krůček po krůčku postupně realizovala. K tomu došlo na setkání všech opatů a zástupců ženských klášterů v Praze r. 1859, z něhož po bouřlivých debatách vzešla tzv. "Pražská statuta". Tato statuta byla založena na statutech Česko-moravské cisterciácké provincie z 18. století a ta zase pak na papežské bule "In Suprema" z r. 1666. Takto tedy tato statuta navazovala na cisterciáckou tradici a zároveň se snažila vypořádat se se soudobými problémy. Jejich dodržování sice nemělo na přísný způsob života trapistů, ale obnovovalo mnišský způsob života na slušnou úroveň. V nových podmínkách v Rakousku se také římský generální předseda Řádu, opat v Santa Croce, pokusil obnovit fungování cisterciáckého řádu svoláním Generální kapituly. První pokus r. 1856 přizvat opaty z Belgie a Rakouské monarchie na kapitulu Italské kongregace selhal pro nezájem vyzvaných opatů. Nový pokus z. 1863 učiněný novým generálním předsedou Teobaldem Cessarim, který usiloval o plnohodnotnou Generální kapitulu a měl plnou podporu papeže, vyzval jak rakouské opaty tak i všechny trapistické opaty, ale obojí jej odmítli. Důvod odmítnutí je nejasný, ale zřejmě spočíval v italsko-rakouské válce a následných bojích o sjednocení Itálie, tedy v nacionalismu. R. 1867 vykonal generální předseda vizitaci belgických klášterů a také přitom navštívil několik klášterů rakouských. Příznivý dojem z nich mu dodal odvahu a tak s pomocí vlivu Kongregace pro řeholníky se mu konečně podařilo r. 1869 shromáždit opaty na Generální kapitulu, a to v římském opatství San Bernardo alle Terme. Ani na ní nebyli přítomni zástupci všech klášterů "obecné observance" a opati reformních trapistických klášterů nebyli přizváni vůbec. Proto až po dlouhých diskuzích bylo toto shromáždění uznáno za Generální kapitulu, třebaže se na ní zúčastnili především opati rakouských a belgických klášterů. Důvod opomenutí pozvat trapistické opaty nebyl nikdy vysvětlen, ale zřejmě spočíval jednak v nezájmu trapistů samotných, kteří už zvažovali možnost vytvoření samostatného řádu, a jednak v obavě z jejich početní převahy nad ostatními opaty. Tato generální kapitula se po dlouhých jednáních shodla jen na vytvoření funkce generálního opata a na obnově generálních kapitul. V otázce jednotného dodržování chudoby či v otevření společné teologické školy v Římě pro všechny členy řádu se ničeho nedosáhlo. Další generální kapitula se konala r. 1880 ve Vídni, protože v Itálii nebyly po občanské válce k tomu vůbec podmínky, a zvolila dalšího italského opata za generálního opata. Další kapitula r. 1891 konaná z téhož důvodu ve Vídni čelila problému, že už neexistoval tehdy žádný italský cisterciácký opat, a tak na základě souhlasu římské kurie zvolila za generálního opata Leopolda Wackárze z Vyššího Brodu s povolením sídlit ve Vyšším Brodě a odtud také spravovat Cisterciácký řád. V témže roce se také odehrála na jedné straně slavnost 800-ho výročí narození svatého Bernarda a na druhé straně smutný moment v životě Cisterciáckého řádu - jeho rozdělení na dva řády r. 1892.
Osudové rozdělení řádu
Toto oficiální rozdělení nebylo nic neočekávaného, protože vnitřní rozdíly v Cisterciáckém řádu byly latentní po celé 19. století. Z větší části bylo zaviněno přehlížením a nedoceněním života v reformních trapistických klášterech ze strany generálního představeného a pak i generálních kapitul tzv. "Obecné observance". Roku 1893 tedy došlo ke sloučení většiny reformních skupin klášterů (tedy nejen z La Trappe) a byl přijat společný reformní program návratu k cisterciáckým ideálům 12. století. Toto rozdělení se událo za souhlasu generálního opata Leopolda Wackarže a z rozhodnutí papeže Lva XIII. vznikl nový řád zvaný "Cisterciáci přísnější observance" anebo také "Reformovaní cisterciáci", lidově nazývaní trapisté. Toto oficiální rozdělení mělo také co do činění s německo-francouzským antagonismem v Evropě, tedy opět s nemístným nacionalismem v duchovním životě. Hodně mnichů Cisterciáckého řádu je pociťovalo jako ztrátu, která v budoucnu poškodí obě tyto větve Řádu. Tyto myšlenky nebyly cizí ani otcům nově vzniklého řádu reformovaných cisterciáků, a tak na své generální kapitule v obnoveném Citeaux r. 1896 požádali o opětné spojení rozdělených větví Řádu, a to na základě svých nově schválených konstitucí. Generální kapitula Cisterciáckého řádu konaná r. 1897 ve Vyšším Brodě, však tento návrh zdvořile odmítla, protože jej chápala jako pohlcení svého řádu trapisty a také se obávala povinnosti solidárně přispívat na finanční potřeby trapistických klášterů, které díky velké expanzi mimo Evropu zápasily s trvalým nedostatkem prostředků. Oba nově utvořené řády se podstatně lišily ve způsobu života: zatímco reformovaní cisterciáci zavedli přísnou uniformitu a autonomie klášterů byla omezená, tak kláštery dřívější "obecné observance" si naopak střežily svá specifikaReformovaní cisterciáci měli také většinu členů konvrše, protože tím vyšli vstříc společenskému požadavku neklerické cestě ke svatosti, zatímco Cisterciácký řád měl většinu členů kněze, a ti se věnovali především pravidelné duchovní správě a výuce na veřejných školách. a bylo mezi nimi možno nalézt zcela rozdílné kláštery co do způsobu života.
Nejvýznamější vyšebrodský opat Leopod Wackárz
V první části výše sledovaného období vystupuje postava vyšebrodského opata, který byl nejdéle vyšebrodským mnichem, nejdéle opatem a dosáhl nejvyšší hodnosti v Řádu v celých dějinách kláštera. Je jím Leopold Wackarž, který přišel na svět r. 1810 v Horní Plané v měšťanské rodině. Do kláštera vstoupil r. 1833 a zprvu vypomáhal v duchovní správě až byl r. 1844 určen ke službě výlučně v klášteře - nejprve jako bratr pro vedení liturgie (cantor) a regenschori, pak jako správce příjmů kláštera a od r. 1846 sekretář opata. V těžkých dobách rušení feudalismu a josefinismu se velmi osvědčil, a proto není divu, že byl r. 1857 zvolen opatem. K výročí založení kláštera (1859) se opatovi podařilo zrestaurovat klášterní kostel v neogotickém slohu a také se aktivně podílel na vzniku rakouské cisterciácké kongregace. V té době také vznikla velká kostelní věž se zvony a všechny střechy jádra kláštera byly pokryty břidlicí. R. 1867 vyzdobil konvrš Peregrin Ritter nově kněžiště a r. 1887 byl nově zaveden vodovod uvnitř klášterních budov. R. 1890 nechal opat Leopold zrenovovat kapli sv. Anny na klášterním hřbitově, kde byl pak také sám jako první z opatů pohřben. R. 1888 nechal pro lidi v blízkosti kláštera zbudovat poutní místo "Maria Rast (Odpočinutí Panny Marie)". Ty náročné a precizní rekonstrukce vyžadovaly značné prostředky, které se opatu dařilo zajišťovat podnikáním kláštera nejen v polním a lesním hospodářství. Takto klášter díky novému kanálu mezi Vltavou a Dunajem mohl poprvé v dějinách splavovat dřevo přímo do velkých měst a také byly mýceny lesy, prováděny meliorace a chován extenzivně dobytek. Klášter také experimentoval v chovu sladkovodních perlorodek a vybudoval vlastní betonárnu a výrobnu střešní krytiny. K zvyšování úrovně produkce pořádal opat v okolních vesnicích zemědělské a lesnické výstavy. V klášteře nechal opat přesně zinventarizovat všechny sbírky a znalecky posoudit a určit klášterní sbírku obrazů a maleb. 
Opat Leopold zavedl ve svém klášteře výše uvedená pražská statuta a sám především při chórové modlitbě šel příkladem. Osobně opatu Leopoldovi velmi ležela na srdci liturgie a zasazoval se o obnovu a vybavení kvalitními liturgickými knihami a pomůckami, dále byl místním patriotem a nerad daleko cestoval a rád si zakládal na důstojném vystupování. V jeho době platil Vyšší Brod za vzorový klášter. Od r. 1875-90 byl generálním vikářemgenerálním opatem (předsedou) nové rakousko-uherské cisterciácké kongregace a r. 1891 byl zvolen ve věku 82 let. V posledních letech svého života jej ve většině prací zastupoval jeho převor otec Rafael a pak od r. 1900 mladý Brunno Pammer. R. 1900 opat Leopold z důvodu stáří rezignoval na funkci generálního opata a začátkem r. 1901 se velmi vyčerpal při každoroční duchovní obnově komunity a trávil pak čas na lůžku až do svého skonu v prosinci téhož roku. Ve vyšebrodské komunitě pak působil také jeho synovec z druhého kolena a se stejným příjmením.
Opat Bruno Pammer a vznik tzv. české cisterciácké kongregace
Po něm se stal opatem Bruno Pammer, který pocházel z vesnice Rožmberk a v mládí získal silné vazby na Linec, kde vystudoval gymnázium. Krátce poté, co se stal řeholníkem a pak i knězem, působil v klášteře jako novicmistr a sakristán, ale kvůli nemoci plic musel převzít duchovní správu jedné vysoko položené farnosti. Tam také získal při vedení místní spořitelny ekonomické zkušenosti, které se mu později velmi hodily. Když se zotavil, vrátil se do kláštera, kde byl nejprve správcem kuchyně a pak převorem ve věku teprve 34 let. Vzápětí byl opatem vyslán jako jeho zástupce do Říma na generální kapitulu r. 1900. Po smrti opata krátce spravoval provizorně klášter a brzy byl po provedení inventarizace majetku kláštera zvolen i jeho opatem. Právě v té době však klášterní majetky postihla největší lesní větrná kalamita v dějinách. Opat Bruno byl aktivní zejména v klášterním hospodaření, kdy prováděl rozsáhlé modernizace ke zvýšení efektivnosti. Tak byl převratně modernizován pivovar, kde díky vybavení stačila obsluha pouhých 4 lidí, a dále byla vybudována ke klášteru železnice a kvůli ní také zbudována vodní elektrárna, která umožnila elektrifikovat také klášterní budovy. Mimoto nechal opat Bruno zbudovat také velkou pilu. Opat plánoval použít výnosy z těchto provozů na celkovou rekonstrukci kláštera. Podle plánů měl být celý areál přestavěn v osobité kombinaci gotiky a secese a také měla nad klášterem vzniknout drůbežárna. Navzdory tomuto enormnímu hospodářskému snažení se klášter ocitl v tísnivé finanční situaci, protože přišly nejprve závody ve zbrojení a pak první světové válka. Na ni musel klášter přispívat velkými částkami, tzv. válečnými půjčkami státu, na které se naopak klášter velmi zadlužil u bank. Proto se ze stavebních záměrů opata Bruna uskutečnila jen malá část. 
Velké problémy nastaly opatu Brunovi v souvislosti se světovou válkou i v jiném ohledu - nedostatek povolání. To se projevilo zejména po válce, kdy několik členů odpadlo od víry a opustilo klášter a obecně panovala celková nepřízeň vůči katolické Církvi a nedostatek řeholních povolání. Na popud svého novicmistra Matouše Quatembra (pozdějšího generálního opata v letech 1950-53) přikročil opat Bruno v tíživých poměrech po válce r. 1924 k nejistému kroku - založit ve Vyšším Brodě klášterní soukromé gymnázium. Důvodem bylo to, že v té době bylo provozování škol velmi oblíbené a osvědčené mezí všemi kláštery bez rozdílu spirituality, a dále to, že si od toho vyšebrodští mniši slibovali podchycení nových řeholních povolání z okolí kláštera. Opat Bruno se nezaviněně ocitl v napjatém vztahu vůči nové Československé republice, kvůli svému konzervativnímu vztahu k tradicím, němectví a katolicismu. Snažil se tuto nedůvěru československých úřadů rozptýlit odloučením se od rakouské cisterciácké kongregace a založením vlastní kongregace. Tato kongregace byla nazvána Kongregace Nejčistšího srdce Panny Marie a byla potvrzena r. 1923 papežem. Zahrnovala mužské kláštery Vyšší Brod a Osek v Čechách a ženské kláštery Marienstern a Marienthal v Lužici a klášter Porta Coeli na Moravě. 
Kvůli národnostnímu nátlaku ze strany nových československých úřadů musela část cisterciaček německého původu z Porta Coeli odejít a založit po válce r. 1920 nový klášter v Dánsku na místě zvaném Allerslev, který tedy také patřil k výše uvedené nové kongregaci. Tento klášter pak po zrušení mužských klášterů přešel pod pravomoc místního biskupa, pak byl přeložen na jiné místo zvané Sostrup a r. 1990 byl přijat opět do Cisterciáckého řádu pod přímou pravomoc generálního opata a r. 1999 se stal opět členem původní kongregace. Opatu Brunovi se tuto nedůvěru úřadů rozptýlit nepodařilo (podezřívali jej ze separatismu kvůli jeho dobrým vztahům s mnoha Rakušany) a opatu hrozilo uvěznění a klášteru zrušení, třebaže všichni spolubratři s novou republikou sympatizovali. Opat Bruno sám nijak zvlášť necestoval mimo vizitací klášterů v Čechách a přilehlých zemích (protože až do r. 1923 se účastnil na řízení rakouské kongregace) a mimo jedné pouti do Svaté země. Uprostřed těchto napětí a obav z budoucnosti kláštera zemřel opat Bruno na cestě vlakem do Porta Coeli u Tišnova r. 1924.
