Wojna 30-letnia

W klasztorze Vyšší Brodze/Hohenfurth nigdy nie było tylu zakonników, ilu bywało w innych opactwach, o czym świadczą miejsca przeznaczone dla zakonników w prezbiterium (42). W roku 1616, niedługo przed wybuchem wojny 30-letniej, Generał Nicolaus Boucherat z Citeaux przyjechał z wizytą do klasztoru Hohenfurth, zastał tam 14 zakonników, 1 nowicjusza i 3 braci świeckich, pozostałych 6 zakonników było wówczas na naukach za granicą. I chociaż wojna ta swoim bezpośrednim zasięgiem nie dotarła do Hohenfurth, to jednak dla mieszkańców południowych Czech nastały ciężkie czasy, niosące ze sobą powstania zbrojne, przesiedlenia oraz nie mające końca rabunki i grabieże. Już w 1648 roku można było naliczyć 77 opustoszałych gospodarstw rolnych, należących do kapituły, a w kolejnych latach ich liczba nadal wzrastała. Pod koniec wojny w roku 1648 zaczęły się nowe problemy – armia szwedzka wtargnęła do Czech, i kierowała się w stronę ich południowej granicy, tym samym w stronę Hohenfurth. W latach wojen miejscowi zakonnicy zostali częściowo wysłani do innych klasztorów, ponieważ ich macierzysty klasztor nie był w stanie się utrzymać. Jednak historia klasztoru Vyšší Brodz/Hohenfurth to nie tylko lata biedy, zagrożenia i wojen, miał on również swoje złote lata oraz wielkich opatów i zakonników. Jednym z nich był opat wywodzący się z Łużyc – Grzegorz III, pełniący urząd opata w latach 1641-1668. Zostawił on po sobie wiele wartościowych i znaczących dzieł teologicznych, a za najważniejsze uważane są rękopisy „Acta Altovandensia”. W roku 1627 opaci w klasztorach Goldenkron i Vyšší Brodz/Hohenfurth otrzymali fotel prałata i prawo głosu w wyborach. Z powodu wysokiej liczebności zgromadzenia (58 zakonników) za czasów opata Johanna IV Clavey (1669-1687) zaczęto rozbudowę klasztoru; wzniesiono nowy budynek konwentu, wbrew ówczesnym zakazom, wybudowano również pierwszą wieżę przyklasztornego kościoła.