Baroko a habsburgská monarchie
Šířící se absolutismus a nové uspořádání cisterciáckých klášterů
Třicetiletá válka dovršila proces podřízení víry místní vládní moci. Díky tomu se Evropa rozdrobila na množství ostrůvků rozdílného vyznání. 
Také habsburgští panovníci nekompromisně podřídili církevní život ve svých zemích státnímu dozoru ještě během třicetileté války, kdy např. jakékoli církevní pokyny ze zahraničí podléhali panovníkovu schválení. V protestantských zemích to bylo ještě tvrdší, kdy se hlavou místní církve stávali tamější panovníci.
Proto také reformní úsilí v Řádu po celocírkevní tridentské obnově nemohlo vést k úplné obnově původního stavu a namísto toho se prosazoval čím dál tím více systém samosprávných spolků klášterů sdružovaných podle místních podmínek: ať už to byly přímo autonomní kongregace či jen územně správní vikariáty. Kongregace přitom nebyly zřizovány ani tak podle geografického hlediska, jako spíše podle společné orientace. Takto do historicky první kongregace Kastilské nepatřily ani zdaleka všechny cisterciácké kláštery ve španělském království, zatímco ve Francii vznikl samostatný vikariát pro správu klášterů, jež se přidaly k reformnímu hnutí tzv. abstinentů. U nás vznikl vikariát sdružující všechny cisterciácké kláštery Čech, Moravy a Lužice a tak byly zpřetrhány původní filiační vazby s rakouskými a německými kláštery. Vizitace, dozor a poradní shromáždění se teď děly v rámci vikariátu a ten jako takový vstupoval do kontaktu přímo s opatem ze Citeaux, případně Morimondu.
Všeobecná obnova
Co spojovalo katolické křesťany v tomto období, byla obnovená liturgie a zájem o krásné bohoslužby. Proto mimojiné také Cisterciácký řád odložil svůj mešní ritus a přijal ritus vzešlý z tridentské reformy. V období baroka byl pro většinu řeholníků ideálem jezuita: pro své misijní úspěchy jak u pohanů v zámoří, tak i u odpadlíků doma, dále pro svou flexibilitu, efektivní organizovanost, celocírkevní vliv a vynikající školství. Jiným výrazným vlivem v našem Řádu byl reformní odkaz karmelitky Terezie Veliké. V době baroka platila za symbol reformního zápalu zdrženlivost od masa (tzv. abstinence). V intelektuální oblasti se pak na jedné straně kladl důraz na starobylost a hledaly se kořeny a dějiny stůj co stůj a na straně druhé panovala připravenost dělat vše zcela nově a ve velkém stylu. Díky tomu na jedné straně vznikla spousta historických a teologických systematických spisů a byly nashromážděny rozsáhlé knihovny a na druhé straně bylo množství sakrálních staveb strženo a postaveno od základu nově v barokních slohu a také hojně vznikala nová liturgická hudba a prosazovala se záplava pobožností mimo mši svatou. Život víry se vůbec velmi přiblížil lidovému a tím jakoby též splývala spiritualita, která už nebyla diferencovaná podle stavu. V našem Řádu byla obecně opuštěna tělesná práce jako plýtvání silami a řeholní život se zaměřil buď na studium či duchovní správu nebo naopak na vypjatou askezi. Přestože se cisterciácký život značně lišil od života zakladatelů, vynikal také v této době velkou zbožností.
Stavební úpravy ve vyšebrodském klášteře
Vzhledem k nedostatku prostředků a také jistému konzervatismu nebyla ve Vyšším Brodě podniknuta přestavba jádra kláštera v barokním stylu, jak to bylo tehdy běžné. Nicméně došlo alespoň k rozsáhlé výzdobě nového letního opatství, později tzv. soudní budovy, a knihovny ve stylu rokoka a kostel byl nově vybaven nábytkem a oltáři ve stylu tzv. františkánského (tj. střízlivého) baroka. Tehdy se konvrši stávali lidé s touhou dělat výtvarné umění a tak i ve vyšebrodském klášteře byla většina těchto změn provedena několika konvrši. R. 1616 byla vizitace vyšebrodského kláštera průlomová, poněvadž ji provedl sám generální opat ze Citeaux Mikuláš Boucherat. Kvůli napjatým poměrům v zemi před třicetiletou válkou bylo tehdy v klášteře 14 mnichů, jeden novic a 3 konvrši, přičemž 6 dalších mnichů působilo právě mimo klášter. Právě tehdy také začalo narůstat napětí plynoucí z přerodu struktur Řádu: zda bude nadřízený vyšebrodského kláštera wilheringský opat jako dosud nebo zda to bude tzv. generální vikář pro Čechy Moravu a Lužici pověřený přímo generálním opatem ze Citeaux. Tento spor se stal vleklým, kvůli nejasným pokynům opata ze Citeaux rozštěpoval komunitu a byl ukončen teprve r. 1668 v podstatě podřízením vyšebrodského kláštera českému vikariátu. Proč stál tolik Wilhering o to být mateřským a nadřízeným klášterem, že rozdmýchával spor po téměř jedno století a neváhal ani sáhnout k násilí? Důvodem zřejmě nebylo nic jiného než prestiž Wilheringu. 
Třicetiletá válka sice přímo nedorazila ke zdem kláštera, ale nucené odvody a časté ubytovávání vojenských oddílů v klášteře vedlo k hospodářské devastaci jak kláštera samotného, tak i mnoha statků a poddaných. Vysoké zadlužení kláštera nucenými půjčkami na válku a nejistota znemožňovaly zaopatřit vlastní mnichy a spory s mateřským klášterem si tehdy vynutily pobyt většiny vyšebrodských mnichů v cizích klášterech, především ve Wilheringu a jinde v Rakousku. Ke konci 17. století se pak překvapivě prudce zvýšil počet mnichů ve Vyšším Brodě na 60 a to si vynutilo r. 1671 výstavbu nových budov s celami.
Farní duchovní správa
V 18. století pak pokračoval rozvoj duchovní správy vykonávané mnichy na klášterních farách a také zkrášlování a rozrůstání klášterního areálu. Proč tolik vyšebrodský klášter usiloval o obsazování far svými řeholníky? V 17. století byl klášter ekonomicky zatížen nejvíce ve svých dějinách - válečnými odvody na třicetiletou válku a pak na turecké války. Proto klášter sháněl příjmy a šetřil, kde to jen bylo možné. Z farností, které přímo patřily do jeho pozemkového vlastnictví i z farností, nad nimiž měl patronát, měl klášter nárok na církevní desátky a zároveň se však musel zajistit duchovní správu a údržbu sakrálních budov v dané farnosti. Aby však klášter nemusel najímat světské kněze a dávat jim uvedené desátky, a tak přišel o prostředky velmi potřebné na daně a udržení kláštera, nasazoval na fary kněze ze svých řeholníků. Mimoto na začátku třicetileté války byl velký nedostatek světského duchovenstva, ale ve druhé polovině 17. století ho už bylo více než dost. To už však obsazování svých far vlastními řeholníky zaběhnul... 
Je na místě dodat, že vyšebrodský klášter vedl vleklý spor s biskupem o obsazování far, protože Tridentský koncil žádal, aby na farách bylo světské duchovenstvo a řeholníci v klášterech s výjimkou farností ve vlastnictví kláštera. Tento spor byl v podstatě vyřešen tak, že biskup musel každému novému opatovi svěřit do duchovní správy všechny farnosti kláštera (ve vlastnictví či jen s patronátním právem) plošně a ten pak odpovídal za výkon duchovní správy a sám dosazoval podle potřeby své řeholníky nebo najaté světské kněze. V letech 1753-55 byla velkoryse vybudována klášterní knihovna za nejvzdělanějšího opata kláštera v historii vůbec - Quirina Mickla. Za jeho působení také vznikla nová úřednická budova v rokokovém slohu v severovýchodní části areálu, jež byla později pronajata státu jako okrskový soud. Novou knihovnu i tuto novou budovu vyzdobil velmi krásnými freskami konvrš kláštera Lukáš Vávra.
Opati vyšebrodského kláštera v této epoše
V období baroka vznikl zvyk sepisovat seznamy řeholníků a dějiny kláštera členěné podle opatů, a proto teď následuje výčet opatů tohoto období se stručnou charakteristikou:
Pavel III. Farenschon (1608-20) - pocházel ze Švábska a předtím zastával úřad převora. Petr Vok jej po smrti předešlého opata nejprve jmenoval administrátorem a pak byl zvolen opatem za předsedání volbě generálním vikářem. Za něj proběhla r. 1608 vizitace přímým pověřencem generálního opata a byl zaznamenán stav: 7 kněží a 6 kleriků a konvršů. V protestu proti těmto cizím vizitacím si wilheringský opat r. 1613 vyžádal u generálního opata ujištění, že Vyšší Brod bude napořád podléhat výlučně Wilheringu. Opat Pavel se také ocitl ve vleklých sporech o obsazování far na klášterním panství. Sám neměl k dispozici dostatek spolehlivých kněží a na nátlak Rožmberků musel ustanovovat za duchovní správce nežádoucí osoby. V jeho době také klášter výrazně doplatil na válku mezi císařem Rudolfem a Matyášem a zvláště na řádění najatých pasovských žoldáků u nás r. 1611. R. 1612 navíc vymřeli definitivně Rožmberkové a klášter přešel bezprostředně pod císaře. Na konci působení opata Pavla došlo r. 1618 k vypuknutí stavovského povstání, a proto nejprve převor a pak i ostatní postupně opustili klášter. Opat předčasně zemřel za začínající vřavy a zmatků třicetileté války r. 1620, když se v jeho klášteře ubytovala vojska.
Gangolf Scheidinger (1620-31) - jako převor byl zvolen opatem za neblahých okolností v klášteře po smrti předešlého opata, kdy se všichni obávali o osud vyšebrodského kláštera obsazeného císařským vojskem. Opat Gangolf pocházel z Durynska a už zpočátku musel čelit řádění vojska kolem sebe, kdy došlo mimojiné k zapálení městečka Vyšší Brod. Po dvouleté přestávce se v klášteře opět ubytovalo vojsko kvůli hornorakouskému selskému povstání. Za opata Gangolfa byl r. 1623 zvolen za opata osiřelé Zlaté Koruny jeden z jeho mnichů - Ondřej Pachman. Navzdory válce prováděl opat nákupy pozemkového majetku - hlavně díky rozprodejům po císařských konfiskacích emigrantům. Za něj byl také nově vyzdoben kostel, sakristie a chór konvršem kláštera Janem Negelinem a navíc byly pořízeny první varhany. R. 1627 dostal vyšebrodský opat spolu se zlatokorunským opatem hlas a místo v obnoveném zemském sněmu.
Jiří II. Schroff (1631-41) - byl zvolen za předsednictví wilheringského opata a pak benedikován generálním vikářem r. 1632. Už od začátku jeho působení kulminovaly útrapy kláštera působené ubytováním vojska za války: už r. 1632 to bylo např. druhé selské povstání v Horním Rakousku a tak dále. Přestože vyšebrodský klášter velmi trpěl za války hospodářsky, byl ušetřen přímých bojů a tak se opakovaně stával útočištěm cisterciáků odjinud, např. z Oseka, Zbraslavi, Wilheringu. Ty nejisté poměry a vnější útrapy byly ještě zhoršovány neustávající churavostí opata. Opat Jiří musel už od začátku zavést přísné šetření, takže při už při vizitaci r. 1634 bylo opatu uloženo zodpovědně se starat o bratry. O rok později padlo rozhodnutí zřídit ve Vyšším Brodě noviciát pro všechen dorost české provincie, ale kvůli založení semináře v Praze r. 1635 tento plán padl a v Praze byla obnovena cisterciácká kolej - Bernardinum. R. 1639 ustanovil opat za převora mladého, energického Jiřího Wendschuha, který právě ukončil studia na Bernardinu. Od r. 1639 intenzivně začaly vnitřní třenice v komunitě způsobené dvojím požadavkem poslušnosti: od wilheringského otce opata a od generálního vikáře České provincie. Většina komunity stála při wilheringském opatovi, zatímco opat i reformní převor se drželi příslušnosti k Českému vikariátu. Po několik předcházejících desetiletí byl totiž vyšebrodský klášter v kontaktu pouze s českým vikářem a Wilheringským opatem opomíjen. Boj o příslušnost Vyššího Brodu započal nový energický opat ve Wilheringu po svém nástupu r. 1638. Proto čerstvě jmenovaný převor zažádal marně o odstoupení už r. 1640 a vyšebrodský opat Jiří sám odstoupil r. 1641 a vzápětí vyčerpáním zemřel.
Jiří III. Wendschuh ze Zdíře (1641-68) - se stal opatem za dramatických okolností po rezignaci předchozího opata. Komunita se za předsednictví wilheringského opata napřed nemohla dohodnout, ale nakonec zvolila převora Jiřího Wendschuha, jako teprve 31letého. Nový opat se hned vložil energicky do obnovy pořádku a míru ve vyšebrodské komunitě. Nechal se schválit Eggenberky i wilheringským opatem, ale narazil na obtíže mezi svými mnichy takže už začátkem r. 1642 požádal o odstoupení. To bylo zamítnuto, a tak opat Wendschuh obnovil úspěšně pokoj v komunitě a k tomu r. 1644 vydal vlastní stanovy pro vyšebrodský klášter. Tento mír však bohužel netrval dlouho, protože ohlášenou vizitací wilheringského opata r. 1648 vypukl znovu spor, pod koho vyšebrodský klášter patří. Protože nedošlo k jasnému vyřešení, požádal r. 1651 opat Wendschuh opět o odstoupení, a to přímo u generálního opata, ale opět neúspěšně. Ekonimický stav kláštera byl na konci třicetileté války pro velké zadlužení ještě horší než předtím a úsporná opatření vyvolávala napětí vedoucí až k veřejné neposlušnosti a útěkům. Tito uprchlíci byli nicméně posíláni nazpět a vzápětí se r. 1654 konala současná vizitace opata z Wilheringu i českého generálního vikáře, která neposlušné mnichy potrestala. R. 1654 vizitoval vyšebrodský klášter dokonce sám generální opat ze Citeaux Claudius Vaussin a nakázal mnichům vzájemnou lásku a poslušnost k jejich vzornému opatovi. Poté opat Wendschuh jmenoval místo dosavadního bázlivého převora P. Matěje Marka r. 1654 za převora P. Jindřicha Januse, který už však r. 1655 také požádal o odstoupení. Opat Wendschuh byl totiž téhož roku jmenován českým generálním vikářem, ale protože nezvládal situaci ve vlastním klášteře, ihned odstoupil a nahradil jej opat ze Sedlece. R. 1656 došlo opět ke společné vizitaci opata z Wilheringu i českého generálního vikáře. Opat Wendschuh v těchto letech se zdržoval mimo klášter a tak nespokojený převor Jindřich Janus požádal r. 1660 o rezignaci a byl o rok později předvolán do Wilheringu, kde také už zůstal. Opat Wendschuh na jeho místo jmenoval provizorně P. Adama Čekala a o rok později byl převorem ustanoven Mikuláš a Pluvia, který vedl komunitu zcela podle přání opata. To eskalovalo napětí a byl do toho vtažen jak wilheringský opat, tak i český generální vikář. R. 1661 utekla část komunity do Wilheringu, kde byla přijata. Na to vypukla otevřená slovní válka vyšebrodského a wilheringského opata, kdy se vzájemně obviňovali z protiprávního jednání. V této situaci požádal převor Mikuláš o rezignaci, ale neúspěšně. R. 1662 vypukla pak v komunitě otevřená a násilná vzpoura. Opat Wendschuh nereagoval a pobýval nadále mimo klášter s tím, že je třeba vyčkat. Wilheringský opat sice odsoudil tuto vzpouru, avšak utečence nechal u sebe a požadoval podřízení Vyššího Brodu. Vyšší Brod však trval na podřízenosti českému generálnímu vikáři, načež do Wilheringu utekli další vyšebrodští cisterciáci. Když pak r. 1663 musel vyšebrodský převor něco zařídit v Linci, nechal jej wilheringský opat uvěznit a vynutil si slib rezignace a podřízení Vyššího Brodu wilheringskému opatovi. Nabídku zprostředkování zbraslavským opatem z r. 1644 wilheringský opat odmítl a obrátil se k císaři. Ten pověřil vyřízením této situace pražského kardinála Harracha, který se však odmítl se angažovat. Kompromisní řešení nakonec našli r. 1668 opat z Oseka a Zbraslavi, avšak to už byl opat Wendschuh na smrtelné posteli. Tento spor byl tak dlouhodobý, poněvadž se opat Wenschuh velmi angažoval v řádových záležitostech (byl např. generálním vikářem či administrátorem Žďáru) a také v zemské politice, takže mu na vlastní klášter nezbývalo moc energie. Opat Wendschuh se velmi zasloužil o hospodářské zotavení z katastrofálního stavu po třicetileté válce. Obnovil a získal nové klášterní statky, nechal přeměnit staré opatství na lékárnu a znovu vydobyl klášteru hospodářské výsady a práva. Také vedl dlouhé spory s krumlovským arciděkanem o obsazování far a hodlal zřídit v Rožmberku priorát. Opat Wendschuh nechal v klášterním kostele vytvořit hlavní barokní oltář. Byl velmi literárně činný, když např. sepsal rozsáhlé dějiny kláštera "Acta Altovadensia", a patřil vůbec k nejvýraznějším osobnostem v dějinách vyšebrodského kláštera.
Jindřich III. Janus (1668-69) - pocházel z Lužice a jako vyšebrodský mnich byl nejprve převorem ve Žďáru (1650) a pak v letech 1654-60 ve Vyšším Brodě. Poté se Jindřich až do smrti předešlého opata zdržoval ve Wilheringu. Jako opat byl Jindřich svými mnichy velmi milován a úspěšně uhájil oprávněné zájmy kláštera. Opat Jindřich však zemřel záhy po svém zvolení.
Jan IV. Clavey (1669-87) - pocházel z Alsaska a byl zprvu správcem koleje Bernardinum, pak proboštem u cisterciaček v Mariensternu v Lužici, pak farářem a nakonec provizorem kláštera. Opat Jan byl zvolen za předsednictví českého generálního vikáře. Protože wilheringský opat nebyl spokojen s ujednáním z r. 1668, vyvolal opět tuto otázku na generální kapitule r. 1672, která však jeho nárokům nevyhověla. Za opata Jana začaly těžké spory s knížetem Eggenberkem, a to zprvu jen o hospodářské záležitosti. Spor vypukl r. 1669 o pivovarnická práva na klášterních statcích, přičemž při dlouhodobém právním sporu sáhli Eggenberkové dokonce k násilí a pivovary podléhající klášteru zničili. R. 1675 klášter tuto při definitivně prohrál a tak přišel o významnou část příjmů. Opat Jan započal r. 1677 také spor o vynětí klášterního panství z panství krumlovského (od r. 1622) patřícího Eggenberkům, ovšem také neúspěšně. Od r. 1671 musel opat Jan také vést spor o obsazování far kněžími. Podle tridentského koncilu měla všechna světská obročí být obsazena výlučně světským klérem a řeholníci mohli mít jen obročí patřící přímo jejich klášteru. Tuto věc s pražským arcibiskupem nakonec opat obhájil ve prospěch kláštera, když dokázal že klášter je oprávněn obsazovat nejen to, co je v jeho vlastnictví, nýbrž i to, co je mu svěřeno do patronátu. Za něj také klášter převzal duchovní správu na dalších místech a r. 1677 vyměnil na žádost vlastníků - rodu Buquoyů duchovní správu v Nových Hradech za Malšín. Také v době opata Jana byl zvolen r. 1676 vyšebrodský mnich za opata ve Žďáru a pozemkový majetek kláštera se rozrůstal: koupí i věnem nových mnichů. R. 1671 byla pak zbudován dnešní barokní konvent a před r. 1685 nechal opat Jan postavit první velkou kostelní věž, jakou do té doby cisterciáci obecně nemívali ve zvyku.
František Wendschuh, rytíř ze Zdíře (1688-90) - byl synovcem opata Jiřího Wendschuha a také pocházel z Lužice. Při zvolení opatem mu bylo teprve 35 let a ocitl se hned po zvolení opět ve sporech o příslušnost Vyššího Brodu. Volba totiž proběhla po delším jednání mezi Eggenberky a Wilheringem paradoxně za předsednictví delegáta českého generálního vikáře. Proti tomu wilheringský opat protestoval u generálního opata, který jej nicméně odkázal na následující generální kapitulu. Do klášterních záležitostí se chtěli vměšovat Eggenbergové, čemuž se cisterciáci v české provincii bránili stížností u císaře. Ten rozhodl až po brzké smrti opata Františka r. 1690 tak, že opat je zodpovědný jen císaři a nikoli Eggenberkům. Také v této době bezvládí zničil požár v létě r. 1690 střechy kláštera.
Bernard Hartinger (1690-95) - byl rodák z Krumlova a působil nejprve jako představený koleje Bernardinum a pak jako probošt u cisterciaček na Starém Brně. Po svém zvolení za opata se snažil zcela vyprostit z podřízení Eggenbergům: chtěl znovu získat ztracené místo a hlas v zemském sněmu a úplné vynětí a osamostatnění klášterního majetku z krumlovského panství Eggenberků. To první se mu u císaře r. 1691 podařilo, zatímco to druhé ne. R. 1692 nechal opat Bernard přestavět velkou kostelní věž a vybavit ji novými zvony.
Stanislav Preinfalk (1695-1721) - pocházel z klášterního statku Komařice a jako řeholník zastával v klášteře nejprve úřad podpřevora a vyučoval mladé mnichy morální teologii. Za své poslání považoval opat Stanislav konečně osvobodit Vyšší Brod z krumlovského panství. Přestože však nasadil všechny síly a prostředky, dosáhl u císaře r. 1714 jen celkem nevýhodného kompromisu. Nicméně r. 1719 vymřel rod Eggenberků a většina jejich majetku a práv přešla na spřízněné Schwarzenberky, kteří se ukázali být mnohem lepšími pány a sousedy. Opat Stanislav také dotáhl ke zdárnému konci řadu starších vleklých sporů kláštera. R. 1699 generální kapitula v Citeaux definitvně vyřešila vztah wilheringského opata a českého generálního vikáře jejich střídáním v dozoru nad vyšebrodským klášterem. R. 1709 přinesl na klášter pohromu velkého požáru, kerý zničil celý klášter a r. 1714 dolehla morová rána. Ještě další pohromy dolehly na klášter a okolí v době opata Stanislava: r. 1715 usazení lupičských tlup cikánů v okolních lesích, které zlomilo až nasazení vojska, a r. 1718 vyhoření Hořic. Za opata Stanislava začali vyšebrodští mniši vyučovat na vzdálených školách: jedním z prvních byl P. Bernard Gruber v Praze od r. 1714.
Kandidus Heydrich (1722-47) - pocházel z Lužice a po vstupu do kláštera působil zprvu jako učitel teologie v domovském i wilheringském klášteře, pak jako novicmistr, převor a jako farář v Hořicích. Jeho volba proběhla za napjatých okolností, protože zemské úřady nedovolily wilheringskému opatovi předsedat volbě, přestože podle práva na něj přišla řada. Na následnou stížnost u generálního opata se wilheringskému opatovi dostalo odpovědi, že mu zůstává i nadále titul a úcta otce opata, ale že podle zemských zákonů bude v praxi na Vyšší Brod dozorovat český generální vikář. Opat Kandidus se ocitl od začátku v řadě právních sporů: o robotní povinnosti, o právo sloužit bohoslužby ve svých kaplích dle práva exempce, o správu nových poutních míst. Mimoto od r. 1741 vyvstaly třenice o obsazení fary Dobrá Voda s Buquoyi. Klášter musel opět odvádět mimořádné válečné daně především na válku s Francií. Za působení opata Kandida vytvořil r. 1725 konvrš Josef Raffer v klášterním kostele pro mnichy nové barokní chórové lavice a okolo nich vestavěné zpovědnice.
Quirin Mickl (1747-67) - pocházel z okolí Budějovic (z Ostrovského Újezdu u Borovan) a ještě v mládí získal doktoráty filozofie, teologie a obojího práva. Po vstupu do kláštera vyučoval zprvu filozofii ve vlastním klášteře a pak teologii v Praze. 
V osobě opata Quirina získal klášter jednu z největších postav svých dějin a potřebnou osobnost pro úkoly své doby. Opat Quirin vedl řadu právních sporů a díky své kompetenci je všechny dovedl vyřešit k prospěchu kláštera. Mezi nejdůležitější mezi těmito spory patřila kontrola příslušnosti správy záduší (zda světským klérem nebo kláštery) a dále spor s Buquoy o obsazování fary Dobrá voda. Opat prodal pilu a zřídil 6 nových hospodářských usedlostí. Uvnitř kláštera nechal opat Quirin zbudovat nový archív, kde shromáždil cenné rukopisy a sbírku mincí, a dále obrazovou galerii a koutek umění. Jeho největším dílem však bylo zbudování dvoudílné barokní knihovny a její vybavení dobrými knihami. Knihovnu vybavil příslušným nábytkem opět konvrš Josef Raffer. Opat sám ovládal mnoho jazyků a byl literárně činný, přičemž po sobě zanechal encyklopedii a řadu dalších knih. V jeho době se též udála velkolepá oslava 500-stého založení kláštera. Opat Quirin se vyznačoval mariánskou úctou a zemřel r. 1767.
